Para apagar todas as pastas .svn de um projeto no servidor, você pode usar o comando abaixo:
find . -name ".svn" -exec rm -rf {} \;
Este mesmo comando pode ser adaptado para apagar arquivos que o MacOSx cria para indexar arquivos no Finder.
find . -name ".DS_Store" -exec rm -rf {} \;
find . -name "__MACOSX" -exec rm -rf {} \;
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